社区应用 最新帖子 精华区 社区服务 会员列表 统计排行
  • 2683阅读
  • 4回复

[分享]显微图像后处理实例——小鼠心脏高速荧光钙成像

级别: 论坛版主
发帖
41
金钱
133
威望
37
贡献值
0
专家经验值
0
背景说明 ? 1b*9G%i  
>oc&hT  
q e;O Ox  
        视频A及B是一个GCaMP转基因小鼠的心脏在不同状态下的搏动视频,为实验的原始数据。视频A为心脏基本正常的搏动情况,视频B为室颤时的搏动情况。 u:O6MO9^  
        为了在不同视频间的对比,也为了在不方便使用视频的时候(如paper中的插图)表达出这些信息,研究者通过免费软件MBF_ImageJ做出了图A’和B’,这两张图片显示了沿着同一条线的荧光强度随时间变化的情况。这样两个视频中心脏钙活动的区别就变得一目了然。尤其是视频B中心脏室颤时紊乱的钙活动信息被完整地呈现到了一张图片之中。 Y@M l}43  
4xNzhnp|  
\%:]o-+"I  
yzmwNsu  
        图B’(或A’)是沿着同一条线上的信号随时间的变化图。 )VCRbz"[g  
        为了从视频B(或A)得到图B’(或A’),需要先进行F/F0操作,此操作会先用图像序列的前几张计算出每个像素的平均值,记作F0。然后将图像序列中的每一张图片上的每一个像素的灰度值(F)都除以相应像素的F0值(所得出的视频如视频C)。经过此处理,序列中各图像的像素值都会变成一个比例,可以有效去除一些没有变化的背景的影响。图B”是没有进行F/F0操作直接从视频B划一条线所得出的信号随时间变化图,可以明显看出,图B”对于钙活动信号表现并没有B’那么清楚。 #pw=HHq*(  
}]?U. ]-  
以下是具体的图像后处理操作步骤: jo8;S?+<|?  
GCEq3 ^/  
5&*B2ZBzH  
在HCimage中将cxd文件转成Multipage TIFF |K6hY-uC  
-'!%\E;5  
S4Vv _k-&  
免费软件ImageJ的内存调用设置 #GHLF  
NCM&6<_  
U'acVcD  
背景扣除 ' {:Yg3K  
a/wkc*}}/  
Il cFW  
F/F0操作 AQ 5CrYb  
*?+maK{5+  
1!E+(Iq  
加伪彩 7^J-5lY3S  
+0O{"XM  
w^&TG3m1~  
另存为avi视频 9J?G"JV?  
xe: D7  
4565U  
Reslice操作 Dc[Qu? ]LM  
'* +]&~b  
5}R /C{fs  
Reslice操作 )G6]r$M>o0  
Wv"[,5 Z13  
VPf*>ph=  
对比度等调节 m4n J9<-  
cmu5KeH  
0X)'8N  
大赛回顾 ;sa-Bh=j^  
咨询电话:010-65866006-628 mB#`{|1[  
郑博士(zyz@hamamatsu.com.cn xGqe )M>8?  
群号:300453121 /PIU@$DV  
'&3Sl?E  
x-U^U.i@  
评价一下你浏览此帖子的感受

精彩

感动

搞笑

开心

愤怒

无聊

灌水
分享到:

相关话题

相关产品

查看更多 显微镜价格

级别: 初中生
发帖
462
金钱
397
威望
56
贡献值
0
专家经验值
0
只看该作者 1 发表于: 2014-11-30
免费软件也很专业啊!楼主使用很熟练。
级别: 论坛版主
发帖
888
金钱
6218
威望
101
贡献值
0
专家经验值
0

只看该作者 2 发表于: 2014-12-01
我看着有些复杂
级别: 论坛版主
发帖
41
金钱
133
威望
37
贡献值
0
专家经验值
0
只看该作者 3 发表于: 2014-12-02
回 1楼(第五元素) 的帖子
使用过程中的问题 大家都可以一起交流~   有什么话题 问题讨论 都可以发起呀~
级别: 论坛版主
发帖
41
金钱
133
威望
37
贡献值
0
专家经验值
0
只看该作者 4 发表于: 2014-12-02
回 2楼(ly555) 的帖子
一步一步操作 还是比较明确的 具体哪儿觉得复杂呢?
描述
快速回复

您目前还是游客,请 登录注册
认证码: