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[分享]显微图像后处理实例——小鼠心脏高速荧光钙成像

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背景说明 W{fULl  
{yvb$ND|j{  
?ID* /u|X  
        视频A及B是一个GCaMP转基因小鼠的心脏在不同状态下的搏动视频,为实验的原始数据。视频A为心脏基本正常的搏动情况,视频B为室颤时的搏动情况。 \LIy:$`8  
        为了在不同视频间的对比,也为了在不方便使用视频的时候(如paper中的插图)表达出这些信息,研究者通过免费软件MBF_ImageJ做出了图A’和B’,这两张图片显示了沿着同一条线的荧光强度随时间变化的情况。这样两个视频中心脏钙活动的区别就变得一目了然。尤其是视频B中心脏室颤时紊乱的钙活动信息被完整地呈现到了一张图片之中。 [;(]Jy  
P]pmt1a  
KI E k/]<H  
`fQM  
        图B’(或A’)是沿着同一条线上的信号随时间的变化图。 _:wZmZU}  
        为了从视频B(或A)得到图B’(或A’),需要先进行F/F0操作,此操作会先用图像序列的前几张计算出每个像素的平均值,记作F0。然后将图像序列中的每一张图片上的每一个像素的灰度值(F)都除以相应像素的F0值(所得出的视频如视频C)。经过此处理,序列中各图像的像素值都会变成一个比例,可以有效去除一些没有变化的背景的影响。图B”是没有进行F/F0操作直接从视频B划一条线所得出的信号随时间变化图,可以明显看出,图B”对于钙活动信号表现并没有B’那么清楚。 LQh^; ]^(  
#V<`U:.  
以下是具体的图像后处理操作步骤: ' 2>l  
}Q/G &F  
9aTL22U?  
在HCimage中将cxd文件转成Multipage TIFF Jz k!K@  
jMK3T  
YV*b~6{d  
免费软件ImageJ的内存调用设置 bX7EO 8  
$v FrUv  
a]`itjL^  
背景扣除 \ 0D$Mie  
GOGt?iw*<  
zEy&4Kl{+  
F/F0操作 3a'q`.L  
Po> e kz_E  
9x(}F<L  
加伪彩 \4aKLr  
c )03Ms4 D  
)`<6taKx@n  
另存为avi视频 L%f;J/  
4Hk6b09  
y<|)'(  
Reslice操作 *E}Oh  
/tP7uVL R  
v`SY6;<2  
Reslice操作 N#UXP5C(  
.liyC~YW  
iD<6t_8),  
对比度等调节 o!utZmk$  
UW/N MjK  
"<x&pQZ%  
大赛回顾 UWw}!1  
咨询电话:010-65866006-628 @zrNN>  
郑博士(zyz@hamamatsu.com.cn f^?uY8<  
群号:300453121 d=y0yq{L  
5oJ Dux }  
4uUs7T  
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只看该作者 1 发表于: 2014-11-30
免费软件也很专业啊!楼主使用很熟练。
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只看该作者 2 发表于: 2014-12-01
我看着有些复杂
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只看该作者 3 发表于: 2014-12-02
回 1楼(第五元素) 的帖子
使用过程中的问题 大家都可以一起交流~   有什么话题 问题讨论 都可以发起呀~
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只看该作者 4 发表于: 2014-12-02
回 2楼(ly555) 的帖子
一步一步操作 还是比较明确的 具体哪儿觉得复杂呢?
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