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[分享]显微图像后处理实例——小鼠心脏高速荧光钙成像

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背景说明 5sZqX.XVF  
/cC4K\M  
?' /#Gt`  
        视频A及B是一个GCaMP转基因小鼠的心脏在不同状态下的搏动视频,为实验的原始数据。视频A为心脏基本正常的搏动情况,视频B为室颤时的搏动情况。 lU8X{SV!  
        为了在不同视频间的对比,也为了在不方便使用视频的时候(如paper中的插图)表达出这些信息,研究者通过免费软件MBF_ImageJ做出了图A’和B’,这两张图片显示了沿着同一条线的荧光强度随时间变化的情况。这样两个视频中心脏钙活动的区别就变得一目了然。尤其是视频B中心脏室颤时紊乱的钙活动信息被完整地呈现到了一张图片之中。 dw YGhhm  
%pUA$oUt  
;y]BXW&l&  
pT<}n 9yB5  
        图B’(或A’)是沿着同一条线上的信号随时间的变化图。 zW:r7 P.  
        为了从视频B(或A)得到图B’(或A’),需要先进行F/F0操作,此操作会先用图像序列的前几张计算出每个像素的平均值,记作F0。然后将图像序列中的每一张图片上的每一个像素的灰度值(F)都除以相应像素的F0值(所得出的视频如视频C)。经过此处理,序列中各图像的像素值都会变成一个比例,可以有效去除一些没有变化的背景的影响。图B”是没有进行F/F0操作直接从视频B划一条线所得出的信号随时间变化图,可以明显看出,图B”对于钙活动信号表现并没有B’那么清楚。 z;lWr(-x  
Sej(jJX1  
以下是具体的图像后处理操作步骤: $TY 1'#1U;  
I*EHZctH  
lnWs cb3t  
在HCimage中将cxd文件转成Multipage TIFF +L-(Lz[p  
il~A(`+YO  
Rc#c^F<  
免费软件ImageJ的内存调用设置 LPS]TG\  
.9$ 7 +  
4|/=]w  
背景扣除 1JY3c M  
j% Wip j;c  
 `s~[q  
F/F0操作 !Nx'4N`&l  
g&fq)d  
*ulkqpO  
加伪彩 W3]?>sLE*  
E=RX^ 3+}  
nrJW.F]S8[  
另存为avi视频 2'7)D} p  
0jMS!"k   
;C~:C^Q\H  
Reslice操作 WNo<0|X  
a4x(lx&  
b&I{?'"%8  
Reslice操作 %%^by  
y/OPN<=*  
/YD2F  
对比度等调节 (x/xqDpmBS  
7"s8G 7  
i~uoK7o|G  
大赛回顾 D0 ,t,,L  
咨询电话:010-65866006-628 ,xuA%CF-S  
郑博士(zyz@hamamatsu.com.cn $uCY\ xqZ  
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">!<OB  
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只看该作者 1 发表于: 2014-11-30
免费软件也很专业啊!楼主使用很熟练。
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只看该作者 2 发表于: 2014-12-01
我看着有些复杂
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只看该作者 3 发表于: 2014-12-02
回 1楼(第五元素) 的帖子
使用过程中的问题 大家都可以一起交流~   有什么话题 问题讨论 都可以发起呀~
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只看该作者 4 发表于: 2014-12-02
回 2楼(ly555) 的帖子
一步一步操作 还是比较明确的 具体哪儿觉得复杂呢?
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